第三部门研究的一个核心课题是组织的自主性。对于第三部门来说，其组织的自主性是当前研究的核心课题，这里的自主性有三个维度：一是独立性，即相对于政府组织和经济组织的相对独立性；二是自我管理能力，即在独立的条件下能实现对本组织的自我监管；三是影响力，即该组织能对政府组织或经济组织产生一定的影响。第三部门职能特点：1“正规性”，即具有正式注册登记的合法身份。正规性是第三部门必备的条件。作为计划经济下政府延伸或者由于政府机构改革转轨、挂靠等下属、不需注册登记的机构，不是独立的组织；而没有登记注册的独立组织是非法组织。2“民间性”，即在组织机构上与政府分离。中国的非政府非营利组织，由于历史原因，政治色彩和官僚化过于厚重。协会主要人员来自于政府，协会开展相关活动和工作依靠政府，因此有人称之为“二政府”。人们把协会理解为管理机构或者领导机构，而不是服务和中介机构，而真正的行业协会应该是企业自愿参与的民间组织。3“非营利性”，即不得为其拥有者谋取利润。在中国的情况下，为了生存，有些非营利组织甚至从事某些营利性活动。一般第三部门的活动和财务公开性和透明度是很高的。4“自治性”，即能够控制自己的活动。组织章程的自主设计，领导机构和人员自主遴选和更换。如果要报请政府部门批准，或由政府部门推荐和委派就无法做到自治。5“志愿性”，其活动和管理中有显著的会员自愿参与成份。6“公益性”，服务于某些公共目的。
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