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在北京,张锡钧教授代理协和医学院生理学系主任,并继续出版中国生理学杂志,直到1941年日军占领协和医学院后,杂志被迫停刊。抗战胜利后,中国生理学杂志于1948年复刊。中华人民共和国成立后,学会于1950年在北京举行了会议,
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